ich würde eher den Weg gehen, die BV zu kündigen und neu zu verhandeln, mit der Begründung das Arbeitszeiten "unklar" gehändelt werden.
Dann kann man dem AG evt das Problem nochmal verdeutlichen und man stellt die Berechnungsproblematik in der BV um.
Dagegen zu klagen kann ja nur zu demselben Ergebnis führen, die BV muss neu verhandelt werden.
Ich kann mir nicht vorstellen, das ein Zeiterfassungssystem die doppelte Zeitgrenze plus das Überstundenstundenkonto verwalten kann.
Evt. ist es tatsächlich dem technischen System geschuldet und dann muss der AG evt sowieso daran etwas ändern.